Durante la guerra fredda Cia e Isi - l'intelligence pachistana - erano entrambe concentrate nel contenere l’influenza del blocco sovietico nell'Asia centrale. Utile per il Pakistan per arginare anche le velleità espansionistiche dell'India, suo nemico storico, e della Cina. L'invasione sovietica dell’Afghanistan, nel 1979, costituirà da collante ad una maggiore condivisione di interessi  tra americani e pachistani.

In seguito alla fine della contrapposizione, negli anni novanta, gli Stati Uniti cambiano politica nei confronti del Pakistan, sempre meno influente nello scacchiere strategico internazionale. Tanto che, nell’ottobre 1990, gli Usa decidono di imporre delle sanzioni economiche e militari al governo di Islamabad, a cui segue una crisi tra i due ex amici.

La risposta occidentale ed americana all'attentato alle Twin Towers, dell'11 settembre 2001, è la missione in Afghanistan. La CIA non disponeva di agenti sul posto pertanto è stata costretta a riallacciare il legame con l’ISI. Quest'ultima, benché impegnata ufficialmente a soffocare le infiltrazioni talebane in Pakistan, ha sostenuto tuttavia, sotto banco, gli insorti per farne una linea di difesa contro l’India. Equilibrismo che ha permesso al Pakistan di ottenere l'appoggio degli Stati Uniti e al contempo una eventuale via d'uscita in caso di eventuali riprese delle ostilità con Nuova Delhi.

Sono molte le prove di un coinvolgimento dell’ISI in attività collegate ad alcune organizzazioni terroristiche. Nell’agosto 2008, il New York Times riportò che la CIA aveva intercettato conversazioni telefoniche tra l’ISI e i mandanti dell’attentato all’ambasciata indiana di Kabul del 5 luglio precedente.

Inoltre, l’ISI, una volta partiti i sovietici, ha cooperato con Al Qaeda, aiutandola nell'allestimento dei campi di addestramento.

Non sorprende quindi che le due realtà finiscano spesso ai ferri corti...